El Centro Cívico posee características arquitectónicas particulares, signadas por un estilo que se apropia del de las regiones montañosas y boscosas de Europa y Estados Unidos. Desde su comienzo el destino de la edificación fue el de concentrar la actividad cívica y social de la ciudad que se iniciaba: Municipio, Correo, Turismo, Policía Provincial, Aduana, Biblioteca, Teatro, Museo Regional y Juzgado de Paz.
El Museo comprende cinco salas que abarcan: Ciencias Naturales, Prehistoria, Etnografía e Historia Regional. También cuenta con una sala para Exposicines Temporarias, Departamento de Diseño/Investigación, Depósito de Colección y Tienda. Depende administrativamente de la Intendencia del Parque Nacional Nahuel Huapi, y financieramente de la Asociación Amigos del Museo. Desde 1984, es intención del museo modernizar los espacios expositivos y la investigación, y profundizar en el carácter pedagógico de lo que se expone y desarrollar actividades que despierten en los visitantes un nuevo interés por la región, su historia, costumbres y expresiones. Es por eso que desde allí se dedican esfuerzos para actualizar la investigación, preparar exposiciones temporarias, organizar conferencias y seminarios, y editar libros y material de difusión.
Desde hace algunos años es intención del Museo replantear la función en la que tradicionalmente se han encasillado los museos en general, esto es modernizando los espacios expositivos y la investigación; actualizando las técnicas de conservación preventiva para mejor cuidado de los objetos de sus colecciones; profundizando en su caracter pedagógico como transmisor de cultura y desarrollando actividades que despierten en los visitantes y los pobladores un nuevo interés por la región, su historia, costumbres y expresiones.
En el año 1992 un proyecto de remodelación del Museo de la Patagonia fue seleccionado por la Fundación Antorchas para subsidiar su realización (Concurso Nacional de Subsidios para Museos). Gracias a este subsidio, al cual se sumó como contraparte el aporte realizado por la Asociación Amigos del Museo y la Administración de Parques Nacionales, el museo pudo finalizar la primera parte del proyecto.Luego del relevamiento y evaluación de los contenidos generales del Museo, se decidió trazar un recorrido museográfico en sentido cronológico ascendente.*
Dada su característica de museo regional se organizó consecuentemente con la información asociada al medio ambiente patagónico, al poblamiento prehistórico, a la población aborigen, a la historia de la conquista de los territorios, la colonización y las expresiones culturales contemporáneas.
